本发明涉及一种稳定高效筛选耐盐性棉花苗的方法，包括利用非损伤微测技术测定盐胁迫下棉花幼苗根系和叶片组织中Na离子流和K离子流，同时结合盐胁迫下棉花根系和叶片组织中GhAKT1和GhSOS1基因的表达情况，从而区分耐盐性差异的棉花种质材料。本发明提供了一种快速鉴定盐胁迫下棉花幼苗‘保钾排钠’能力的方法，从而可以区分耐盐性遗传背景差异的棉花种质材料。本发明利用离子流以及相关基因的差异，快速、准确的鉴定棉花材料‘保钾排钠’的能力，建立起一种稳定高效的棉花苗期耐盐性鉴定的方法，具有一定的实用价值。
