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本发明涉及植物病理学，具体地涉及棉花的内生真菌CEF-082及其在棉花黄萎病防治中的应用。所述棉花的内生真菌CEF-082的保藏编号为CGMCCNo.11313；CEF-082的代谢产物对棉花黄萎病菌菌落生长的抑制率达100％，对分生孢子产量的抑制率为70.73％；温室试验结果表明，在棉苗真叶初现时用CEF-082培养滤液预接种棉花，对黄萎病的防治效果为62.37％，将CEF-082的玉米沙粒培养物按2％接入基质中再培育棉苗，对棉花黄萎病的防治效果为66.88％；与生产上应用较多的枯草芽孢杆菌相比，防治效果平均提高30.7％；CEF-082预接种棉花提高了防御相关基因β-1,3-glucanase、POD、PPO和PAL等的表达，从而增强了植株对黄萎病的抗性，降低了病原菌的危害。