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本发明公开了一种亚洲棉短绒性状QTL的分子标记，QTL有三个，分别是qFZ‑1‑1、qFZ‑9‑1和qFZ‑9‑2；其中qFZ‑1‑1位于染色体A01，与分子标记DPL490紧密连锁，遗传距离是0.051cM；qFZ‑9‑1、qFZ‑9‑2位于染色体A09上，与qFZ‑9‑1紧密连锁的分子标记是GH118和NAU3966，遗传距离分别是0.075cM和0.043cM；与qFZ‑9‑2紧密连锁的分子标记是GH112和NAU1375，遗传距离分别是0.048cM和1.705cM。本发明找到了与亚洲棉短绒性状QTL紧密连锁的5个标记。其中有4个标记遗传距离都小于1cM，能解释20‑36％的表型变异。可用于光籽性状的分子标记辅助选择以及光籽基因精细定位和图位克隆，为棉花纤维起始研究、纤维品质改良以及棉花遗传育种提供理论依据。