本发明公开了与棉花显性无腺体基因Gl2e紧密连锁的SSR标记及其应用。所述SSR标记为BS4、BS5和BS6；所述SSR标记BS4的引物对BS4由序列表序列1和序列2所示的单链DNA组成；所述SSR标记BS5的引物对BS5由序列表序列3和序列4所示的单链DNA组成；所述SSR标记BS6的引物对BS6由序列表序列5和序列6所示的单链DNA组成。引物对BS4和/或引物对BS5和/或引物对BS6可用于棉花显性无腺体基因Gl2e的定位或克隆以及棉花分子标记辅助育种。所述引物对BS4和/或所述引物对BS5和/或所述引物对BS6还可用于鉴定或辅助鉴定无腺体棉花，且不受棉花品种的限制。本发明在棉花显性无腺体基因Gl2e的克隆、无腺体棉花或低酚棉育种方面具有重要意义。