本发明公开了一种显性绿色短绒标记的棉花杂交种的选配与质量鉴定新方法，包括以下步骤：1）选择非转BT基因绿色短绒棉花为母本、转BT基因灰短绒棉花为父本，进行杂交组配，获得转BT基因绿色短绒棉花杂交种F1；2）对杂交种F1进行纯度鉴定：首先对杂交种F1种子进行短绒形态目视初步鉴定，得到初步合格品; 其次对初步合格品中的样本种子在棉花苗期进行转基因筛选标记抗性鉴定，以确定杂交种F1的抗虫纯度。本发明不但杜绝了杂交种掺假，特别是杂交种F1掺入父母本或异品种的现象，保证了杂交种纯度，同时也缩短了棉种纯度鉴定周期，缩短了鉴定时间，提高了准确性，降低了鉴定费用，降低了种子生产经营风险，同时也可防止用F1代繁殖F2代销售牟利现象。