本发明提供了一种棉花种质耐盐性的高效鉴定方法，利用花钵土培育苗法将棉花幼苗培养至三叶一心期，选长势正常一致的材料分别进行盐胁迫处理和同体积的清水处理，选择第二片真叶分别测定不同处理的PSII最大光化学效率，计算相对值，带入耐盐指数的标准方程D=1.943X-0.882中计算耐盐指数，确定耐盐性；其中X为PSII最大光化学效率相对值，D为耐盐指数。耐盐指数越大，耐盐性越强。与现有技术相比，本发明获得的标准方程结果准确可信，PSII最大光化学效率测定方法简单快速，可活体测定，不伤植株，保证下游实验的正常进行。同时测定时期为棉花幼苗期，可以有效缩短鉴定时间，提高效率，适合进行大规模种质资源鉴定。