本发明涉及植物病理学，具体地涉及可以防治棉花黄萎病的棉花内生真菌CEF-642。CEF-642能够在人工培养基上培养，培养条件无特殊要求，以利于工厂化生产和推广应用。室内抑菌试验表明，对黄萎病控制效果好。对峙培养结果显示，CEF-642对棉花黄萎病菌的抑制率可达83.8%；挥发性代谢产物对黄萎病菌菌丝生长的抑制率为81.6%；非挥发性代谢产物可以完全抑制黄萎病菌的生长。温室试验结果显示，用CEF-642的培养滤液浸泡棉种可以较好的控制黄萎病的发生，最佳防效可达75.%；CEF-642培养物基质育苗法对黄萎病的防治效果也比较突出，防治效率可以达到73.1%。使用黄色蠕形霉CEF-642作为生防制剂，不影响棉花的正常生长，无毒副作用，对对人畜安全，环境友好。