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        本发明公开了一种棉花主要病原真菌ITS-RFLP快速鉴定方法，主要包括以下步骤：1）棉花主要病原真菌菌丝基因组DNA提取，包括大丽轮枝菌、黑白轮枝菌、立枯丝核菌、串珠镰刀菌、粉红单端孢和尖孢镰刀菌；2）核糖体内部转录间隔区（ITS）PCR扩增，使用真菌ITS通用引物ITS4和ITS5进行快速扩增；3）限制性内切酶酶切反应，及带谱鉴别，任意使用识别位点为四碱基的内切酶HhaI、HaeIII、TaqI、Sau3A对上述棉花主要病原真菌的ITS产物进行单酶切，比对ITS-RFLP带谱对比表和标准电子图谱，从而快速鉴定出病原菌的类别。本发明较传统的费时费力形态学生理学鉴定，以及高成本的ITS克隆测序鉴定病原菌方法而言，具有快速、准确、经济且可以同时鉴定多种病原真菌的优点。