本发明涉及植物病理学，具体地涉及棉花的内生真菌CEF08111及其在棉花黄萎病防治中的应用。本发明从棉花的内生真菌入手，通过分离、筛选、鉴定、温室的生物测定，获得对棉花黄萎病具有显著控制作用的菌株CEF08111 （Gibellulopsisnigrescens），其保藏编号为：CGMCC No.5610。CEF08111能够在人工培养基上培养，容易获得和培养，以利于工厂化生产和推广应用。对黄萎病控制效果好，先接种CEF08111，4天后接种大丽轮枝菌，对棉花黄萎病的防治效果达到97.2%，对黄萎病有显著的控制作用，与生产上应用较多的枯草芽孢杆菌相比，防治效果提高50%左右，对人畜、昆虫和作物安全，环境友好。