本发明公开了一种与棉花优质纤维材料0-153高强纤维主效基因位点qFS-1-1、qFS-1-2、qFS-1-3、qFS-1-4、 qFS-1-5、qFS-9-1、qFS-9-2、qFS-9-3、qFS-9-5和qFS-2-1连锁的SSR标记，其特征在于：qFS-1-1、qFS-1-2、qFS-1-3、qFS-1-4和qFS-1-5位于c25染色体上，qFS-9-1、qFS-9-2、qFS-9-3和qFS-9-5位于c7染色体上，qFS-2-1位于c13染色体上，与qFS-1-1的连锁标记为Gh478₃₅₀；与qFS-1-2的连锁标记为DPL0387₂₂₀、HAU892₁₇₀和DC40429₁₉₀；与qFS-1-3连锁的标记为COT012₁₄₀；与qFS-1-4连锁的标记为SHIN-1131₂₄₀PGML00463₄₅₀、Gh537₁₉₀和PGML00463₂₅₀；与qFS-1-5连锁的标记为HAU916₁₅₀、CGR5201₂₀₀和CGR5643₈₅；与qFS-9-1连锁的标记为CGR5001₃₅₀；与qFS-9-2连锁的标记HAU1693₁₅₀；与qFS-2-1连锁的标记为SHIN-1452₁₁₅、PGML00353₂₄₀。利用本发明这些与棉花高强纤维主效基因连锁的SSR标记进行辅助选择可以大大提高棉花纤维品质育种的效率。