本发明公开了一种抗棉铃虫的深棕色彩色棉（深棕色纤维）的选育方法，本发明以转基因抗虫棉品系SGK9708为基础材料，通过选育、抗虫性鉴定，获得抗虫性纯合(100％)、枯黄萎病的抗性增强、皮棉产量比原材料也提高15.0％左右的转基因抗虫棉SGK9708提高系，以其为母本，与深棕色、高产、黄色花药新品系棕263进行杂交，通过多年单株系统选择，选育出一系列抗棉铃虫、深棕色彩色棉新品系，包括B2K8、R12-1等。利用本方法选育的深棕色彩色棉，不仅解决了深棕色彩色棉的抗棉铃虫等鳞翅目昆虫，降低农药使用量，保护了环境，同时纤维品质、皮棉产量也大幅度提升。