本发明提供了一种制备转基因棉花的方法。本方法采用无菌培养的棉花实生苗保留生长点的下胚轴切段为外植体，并纵切外植体的生长点，用携带外源基因的农杆菌感染外植体，进而使其通过器官分化过程培养分化成试管苗，通过嫁接移植成活。本方法主要特点是农杆菌感染的细胞或组织，不需要细胞经过脱分化和再分化进而形成胚性组织(胚性愈伤组织或胚状体和体细胞胚)的过程，而是通过器官分化直接培养成苗，明显缩短棉花外源基因转化的周期，没有受体材料的基因型限制，转化效率高，操作简单，成本低，外源基因以外的变异极小。
