本发明公开了耐盐相关基因剪切体的克隆、鉴定及其应用。本发明首先从耐盐基因中克隆得到两种GhIRE1基因剪切体序列,分别命名为GhIRE1‑s1和GhIRE1‑s2,接下来通过构建原核表达载体进行原核表达,获得了GhIRE1‑s1和GhIRE1‑s2。为了进一步验证GhIRE1‑s1和GhIRE1‑s2的功能,分别构建了转GhIRE1‑s1拟南芥植株和转GhIRE1‑s2拟南芥植株,并对其耐逆性进行了检测。结果表明:与野生型相比,转s1拟南芥植株的耐盐性降低。说明GhIRE1‑s1具有调控植物耐盐性的功能。