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本发明公开了一种棉花育性恢复相关的分子标记及其应用。本发明所提供的鉴定或辅助鉴定待测棉花恢复基因的引物对，其由引物1和引物2组成；所述引物1为如下(a)或(b)：(a)序列表中序列2所示的单链DNA分子；(b)将序列表中序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列表中序列2具有相同功能的单链DNA分子；所述引物2为如下(c)或(d)：(c)序列表中序列3所示的单链DNA分子；(d)将序列表中序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列表中序列3具有相同功能的单链DNA分子。本发明的分子标记与棉花育性恢复紧密相关，能够有效用于恢复系和“三系”杂交棉的分子标记辅助选择育种。