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A comprehensive and automated machine-learning platform for nucleic acid and protein sequence analysis, prediction and visualization

  • 期刊名称Nucleic acids research
  • 发表年份2021
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  • 添加时间2021年09月18日

论文简介:本研究在sGK9708×0-153、LMY22×LY343、鲁绵研28×新陆早24等多个重组自交系群体中通过综合考评表型变异和共有置信区间筛选主效QTL,结果表明在A04、A07、A08和D08染色体上存在重要的纤维品质相关QTL。其中,通过SGK9708×0-153群体的转录组数据在纤维长度和强度QTL中分别检测到50和48个候选基因。这些基因的共表达网络模块在多个RIL群体中的基因对之间表现出相关性。在纤维长度和强度共表达网络模块中,分别鉴定出29个和21个Hub基因,这些Hub基因间呈高度正相关(相关系数绝对值接近1)。此外,基因相关性对不同纤维发育阶段的基因表达有显著影响。这些结果表明,基因间的高度相关性可能反映了所研究的RIL群体中基因对具有相似生物学功能。在多个RIL群体中同时检测到的共同主效QTL及其相关基因 (特别是A07染色体上的QTL及相关基因),为进一步剖析纤维品质性状的遗传和基因组组成提供了重要参考。

原文链接:https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2021.02.023