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中棉所生物信息与分子设计中心成功构建棉花资源与网络数据库

发布时间:2022-01-22 来源 :生物信息与分子设计中心 访问量 : 作者: 张志斌
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近日,中国农业科学院棉花研究所生物信息与分子设计中心通过整合多个棉属物种基因组、转录组、变异位点和基因互作网络等信息,搭建了界面友好、交互性强的棉花资源与网络数据库(Gossypium Resource And Network Database,GRAND)。相关研究以“GRAND: An Integrated Genome, Transcriptome Resources, and Gene Network Database for  Gossypium ”为题在线发表在国际知名学术期刊《植物科学前沿( Frontiers in Plant Science )》(IF=5.75,Q1)上。

随着测序技术快速发展,棉花组学数据呈指数级增长,对海量组学数据进行整合和展示是后组学时代面临的一个难题。棉花资源与网络数据库GRAND有效整合了18个棉属物种的高质量基因组序列及其注释信息,陆地棉和亚洲棉的基因组变异位点、转录组和基因互作网络等信息。该数据库主要功能有基因组浏览、基因检索,序列比对、引物设计、棉花物种间直系同源基因查找、共表达基因网络展示、转录组数据可视化,同时提供多种绘图工具。该数据库对外开放共享,为全国棉花基因组研究人员提供了数据检索、在线分析和可视化平台,有效提高棉花多组学数据的利用效率,助力棉花基础与应用研究。

该研究得到国家自然科学基金(31621005)和新疆昌吉回族自治州科技项目(2021Z01)的资助。该研究论文第一作者为中棉所助理研究员张志斌,助理研究员范李强为通讯作者。

棉花资源与网络数据库网址:http://grand.cricaas.com.cn

原文链接:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2022.773107/full

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