本发明公开了一种复配反胶束体系纯化棉子蛋白的方法，该专利主要包括如下步骤：称取粉碎后的棉籽粕，以料液比为0.15g/ml加入复配反胶束溶液中，经过60min的水浴恒温震荡或超声，高速离心15min，除去不溶固形物，得到含有蛋白的前萃液，是为前萃。取20ml前萃液加入等体积量的1.2mol/L的KCl水溶液，水浴恒温震荡90min，3000r/min离心15min得到上层含有表面活性剂的油相和下层含有蛋白的水相，经分液漏斗分离得到下层蛋白水溶液，即为后萃液，该过程即为后萃。将得到的后萃液浓缩，喷粉干燥或冷冻干燥得到纯化棉子蛋白。本发明具有操作简单，反应条件温和，无酸碱排放，生产成本低，且所用反胶束溶液具有类生命水核，能够保持目标产物的特性和营养成分不受损害。